Buenos dias, para ese problema deberás de tratar cada eje de manera independiente, ya que cada uno puede tener un problema diferente, para el eje Z te doy la solución facil, cambia de sentido el conector de los motores de Z, así cambia el sentido en el que van los motores, de esa forma se moverán en el sentido correcto.
Por otro lado, los motores no se van a mover nunca en sentido negativo, solo en positivo, de esa forma, si avanzas 5mm en positivo solo podrás volver esos 5mm en negativo. Para ir al punto mínimo deberás hacer un Homing del eje que quieras, de esa forma se move en negativo hasta tocar el final de carreras.
En cuanto al eje Y si le das a avanzar ¿te permite luego regresar? como dices puede ser problema del pololu, a mi me paso en uno que estaba dañado y solo se movía en un sentido.
Puedes hacer pruebas para descartar fallos, por ejemplo conectar la salida de X al motor de Y, dale a mover a X y vereas si el motor se mueve bien, si funciona descartamos el motor y el cable de Y, si no lo que estará mal será el motor o el cable.
Luego conecta el motor de X a la salida de Y, dale a mover y si se mueve solo en un sentido casi seguro que es el pololu. Para descartar, quita el pololu de X y ponlo en Y, si funciona puedes asegurar al 100% que es el pololu lo que está estropeado.
Haz estas pruebas y me cuentas a ver que tal, con lo que me comentes ya te indico como puedes seguir
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