Que versión de Python utilizar en la Raspberry Pi

Pues eso, que versión de Python es la mas adecuada para la Raspberry Pi 3 jejejeje me la han regalado por reyes y quisiera meterle mano

Pues tienes un muy buen regalo de reyes!! ahora a ver que inventas con ella xD
De python puedes poner 2 versiones, la 3.6.0 o la 2.7.13 esto dependerá de lo que quieras hacer con python y debes tener en cuenta que cada versión tiene variantes en las instrucciones, por lo que cuando busques información en Internet debes asegurarte sobre que versión están escribiendo el código.
Yo normalmente uso la 2.7.13 , ya que esta versión tiene muy optimizada aplicaciones para la comunicación serie, ya sea para comunicarse con la impresora o con un Arduino, la versión 3.6.0 da algunos problemas para hacer cosas de este tipo.
Si por el contrario vas a hacer aplicaciones que no requieran comunicación serie, instala la versión 3.6.0 ya que es mas potente y tiene muchas mejoras con respecto a la versión 2.7.13.
Alaaa a disfrutar de tu Raspberry PI, un abrazo!!