Buenos días SirRichard! por lo que me cuentas creo que tienes todo bien configurado, empalmar los motores no importa y los pasos que has configurado en el firmware son los correctos. Antes de nada puedes comprobar si el eje se mueve lo que debe dándole a moverse el eje Z unos 100mm y midiendo, si haces esto y la lectura es correcta yo me centraría en el programa que estés usando.
Si estas usando Slic3r, te digo que yo he tenido alguna vez este problema, que al laminar no subía lo que debería y terminaba golpeando la pieza, ese fallo me daba algunas veces y la verdad es que nunca supe el motivo.
Pero creo que en esa pieza tu problema puede ser otro (corrígeme si me equivoco), creo que al llegar al final vas viendo como las capas están sin solidificar, medio viscosas y al poner la siguiente capa el HotEnd parece que este untando mantequilla... Este problema se debe al calor, no le da tiempo a enfriarse antes de poner la siguiente capa y al final empieza a apelmazar todo. Para ver si es de esto pon a imprimir 2 piezas iguales alejadas una de otra, así mientras imprimes una, la otra esta enfriando.
Como te digo, primero mira que la máquina se mueve bien en el eje Z y que si le das a levantarse 100mm se levante 100mm y una vez que hagas esto prueba a imprimir 2 piezas a la vez, a ver si ese es tu problema.
Un saludo!!!
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